O processo se inicia no PJe da Justiça Eleitoral quando um usuário externo, que pode ser advogado, Ministério Público, Autoridade Policial ou qualquer jurisdicionado, cadastra o processo incluindo os dados e a petição inicial.
O processo pode também ser iniciado por um servidor da Justiça Eleitoral (usuário interno).
Ao finalizar o protocolo do processo, ocorre a distribuição automática, ou seja, o processo tem o relator designado de acordo com competências e utilizando um mecanismo de sorteio.
Após ser protocolado, o processo pode ser pesquisado dentro do sistema. Porém, a atuação por parte dos servidores se dará, na grande maioria das vezes, por meio de tarefas de fluxo.
Os fluxos são agrupamentos de tarefas que definem a tramitação processual de acordo com as normas vigentes. A definição de fluxo que será utilizada para o processo depende da classe judicial, ou seja, o fluxo atribuído à classe em sua configuração será utilizado para apresentar o processo nas tarefas.